復混專用有機肥和普通有機肥的區別主要在于它們的執行標準、登記管理部門和農田施用量。

　　執行標準：普通有機肥主要來源于植物和(或)動物，經過發酵腐熟的含碳有機物料，執行的是NY525-2012標準，要求N+P2O5+K2O≥5%、有機質≥45%。而復混專用有機肥是含有一定有機肥料的復混肥料，執行的是GB/T 18877-2009標準，Ⅰ型要求N+P2O5+K2O≥15%、有機質≥20%，Ⅱ型要求N+P2O5+K2O≥25%、有機質≥15%。

　　登記管理部門：普通有機肥和復混專用有機肥都需要在農業部門進行登記，但登記管理部門可能不同。

　　農田施用量：普通有機肥的畝施用量一般在500公斤以上，而復混專用有機肥的畝施用量則根據不同的類型有所不同，Ⅰ型不超過80公斤，Ⅱ型不超過120公斤。

　　總體來說，復混專用有機肥和普通有機肥在多個方面存在明顯差異，使用時需要根據作物和土壤條件等因素進行合理選擇。