正常施用有機肥不會損傷植物的根系，但更多的有機肥會灼傷根系。由于有機肥長期發酵，無機鹽含量不低，過量施肥一定會使根離子濃度過高，引起根灼傷現象，但不會灼傷植株。

　　由于有機肥效應穩定溫和，土壤溶解度變化相對緩慢，不會引起植物脫水和死亡;而且，經過高溫分解發酵處理后，不像未經處理的農家肥，會嘔吐發酵，使植物的根、須腐爛。

　　應加強通風，避免空氣污染擴散。有機肥分解過程中產生的氨不能揮發。因此，需要增加放氣頻率和時間，以便及時將氨氣排出大棚，避免氣害的發生。

　　增加保根肥料的施用，可以減少未成熟有機肥對根系的影響，生物菌肥等功能性肥料可以壓抑根系病害的侵染。此外，還能增加土壤有機質含量，改善產品質量，促進光合作用，增強職業趨光性，植株健壯，有利于糖分的積累，延長作物的保鮮期。